O objetivo estruturante do Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica é promover a excelência e a investigação em tópicos da Engenharia Química e Biológica, com ênfase para os seus fundamentos teóricos, incluindo a especificação, o projeto, a modelação, a representação e exploração de sistemas químicos e biológicos, assim como a integração das tecnologias associadas. O PDEQuiBio tem em vista complementar a formação de mestres e licenciados (5 anos) em cursos das áreas das Ciências e da Engenharia, conferindo formação avançada na Área da Engenharia Química e Biológica.
Pretende-se que os doutorados em Engenharia Química e Biológica, para além de consolidarem a sua formação de base nas áreas tradicionais de intervenção da Engenharia Química e Biológica, adquiram a capacidade de enfrentar os desafios em áreas emergentes como a Biotecnologia Molecular, Genómica Funcional, Biologia de Sistemas e Nanotecnologia.