As atividades de Investigação, Desenvolvimento e Inovação (ID&I) da Escola de Engenharia são coordenadas em 9 centros de investigação:
Centro de Investigação ALGORITMI (ALGORITMI)
Centro de Ciências e Tecnologia Têxtil (2C2T)
Centro de Engenharia Biológica (CEB)
Centro de Investigação em Software Confiável (HASLab)
Center for MicroElectroMechanics Systems (CMEMS)
Centro de Território, Ambiente e Construção (CTAC)
Instituto de Polímeros e Compósitos (IPC)
Centro de Engenharia Mecânica e Sustentabilidade de Recursos (MEtRICs)
Instituto para a Sustentabilidade e Inovação em Estruturas de Engenharia (ISISE)