Programa Doutoral em Bioengenharia (MIT-Portugal)
Programa Doutoral em Ciência e Engenharia de Polímeros e Compósitos
Programa Doutoral em Ciência e Tecnologia Alimentar e Nutrição (em parceria UM/UCP/UA)
Programa Doutoral em Design de Moda (em parceria UBI)
Programa Doutoral em Engenharia Biomédica
Programa Doutoral em Engenharia Civil
Programa Doutoral em Engenharia de Materiais
Programa Doutoral em Engenharia de Tecidos, Medicina Regenerativa e Células Estaminais
Programa Doutoral em Engenharia Eletrónica e de Computadores
Programa Doutoral em Engenharia Industrial e de Sistemas
Programa Doutoral em Engenharia Mecânica
Programa Doutoral em Engenharia Química e Biológica
Programa Doutoral em Engenharia Têxtil
Programa Doutoral em Gestão e Tratamento de Resíduos
Programa Doutoral em Informática
Programa Doutoral em Materiais e Processamento Avançados (em parceria UNL/UM/UBI/UA/UC/IST-UL/UP)
Programa Doutoral em Otimização de Sistemas Industriais e de Serviços (em parceria UL/UM)
Programa Doutoral em Sistemas Avançados de Engenharia para a Indústria (em parceria Bosch Car Multimedia Portugal)
Programa Doutoral em Sustentabilidade do Ambiente Construído
Programa Doutoral em Tecnologia e Sistemas de Informação
Programa Doutoral Internacional em Informática (MAP-i) (CMU-Portugal)
Programa Doutoral Internacional em Líderes para as Indústrias Tecnológicas (MIT-Portugal)
Programa Doutoral Internacional em Telecomunicações (MAP-tele) (CMU-Portugal)
Programas de Doutoramento FCT, com obtenção de grau de doutor em PD já existentes
Programa Doutoral Infrarisk - Analysis and Mitigation of Risks in Infrastructures (em parceria IST-UL/UM/UP/UA/LNEC/ICIST)
Programa Doutoral EcoCoRe - Eco-Construction and Rehabiliation (em parceria IST-UL/UM/LNEC/UC/UP/UNL/ICIST)
Programa Doutoral iRail - Innovation in Railway systems and technologies (em parceria UP/UM/USP/I3N/LAETA)
Programa Doutoral PATH - Terapias Avançadas para a Saúde (em parceria ICVS/3B's / EXPERTISSUES)
Programa Doutoral AEM - Microbiologia Aplicada e Ambiental (em parceria UM/UL/UNL)